PROBIOTIQUES : Mieux les personnaliser pour mieux traiter
L'analyse des génomes bactériens offre des pistes pour la création de probiotiques personnalisés, soutient cette équipe de l’Institut Sanford Burnham Prebys (La Jolla) : cette étude des génomes de bactéries bénéfiques, présentée dans la revue Nature Microbiology, pourrait mener à de nouveaux traitements probiotiques mieux ciblés, en fonction d'un hôte ou d'une situation clinique donnée.
Les probiotiques constituent notamment un moyen émergent utilisé en unités de soins intensifs néonatals (USIN) pour favoriser la santé et prévenir les maladies intestinales telles que l'entérocolite nécrosante. Dans les pays riches,
environ 1 nourrisson prématuré sur 10 est traité par probiotiques
et les dernières données confirment que cette intervention permet de réduire toutes les causes de mortalité.
Le traitement probiotique comprend souvent l'administration de souches bactériennes appartenant au genre Bifidobacterium. Ces souches sont particulièrement abondantes dans l'intestin des enfants, notamment chez les enfants allaités, et sont considérées comme bénéfiques pour la santé humaine.
L’auteur principal, le Dr Aleksandr Arzamasov, chercheur au Sanford Burnham Prebys, précise : « Les bifidobactéries possèdent de multiples propriétés bénéfiques, à commencer par la capacité d’inhiber la croissance des bactéries pathogènes en les privant d'espace et de nutriments. Les probiotiques contribuent également au développement du système immunitaire du nourrisson ».
Des probiotiques pour apporter les bienfaits de Bifidobacterium aux nourrissons souffrant de malnutrition
De précédentes recherches ont montré que le traitement probiotique de nourrissons souffrant de malnutrition aiguë sévère favorise la prise de poids, mais que les bactéries bénéfiques ne s'implantent pas toujours durablement dans le microbiome de ces nourrissons.
L’étude regarde pourquoi ces souches sont parfois moins efficaces et moins durablement chez certains groupes de population. L’objectif étant en effet, dans l’idéal, de pouvoir prédire quelles souches prospèrent dans différentes conditions et dans différents pays, et donc d'adapter les probiotiques aux enfants en fonction de leur lieu de résidence et de leur alimentation.
- l’analyse de la distribution de centaines de gènes métaboliques dans des milliers de génomes de Bifidobacterium permet ici de prédire les adaptations nutritionnelles des souches de Bifidobacterium : ici, les scientifiques parviennent à identifier :
- les gènes métaboliques permettant à Bifidobacterium de décomposer des glucides spécifiques pour produire de l'énergie et pour prospérer ;
- 68 voies métaboliques permettant de déterminer si une bactérie pouvait digérer un glucide spécifique ;
- ce modèle de prédictions qui permet finalement de prédire si une souche va prospérer dans un environnement/hôte donné, testé pour 30 souches de Bifidobacterium géographiquement diverses permet bien d’estimer leur capacité à se développer lorsqu'elles consomment (ou non) 43 glucides correspondant aux voies d'utilisation des glucides prédites ;
- la comparaison de ce modèle de croissance prédit à la croissance réelle révèle un taux de précision des prédictions supérieur à 94 % ;
- il existe des différences dans l'utilisation des glucides en fonction de la localisation géographique, du régime alimentaire et du mode de vie.
Prises ensemble, ces observations confirment l'importance d'analyser les microbiomes intestinaux de groupes de populations moins étudiés à travers le monde, car ils présentent une diversité biologique unique.
Quelles implications ? Ces différences de stratégies de métabolisme des glucides entre les espèces de Bifidobacterium et au sein de celles-ci, influencées par des facteurs « écologiques », notamment l'âge de l'hôte, le régime alimentaire et le mode de vie conditionnent l’efficacité thérapeutiques de ces probiotiques. Cette nouvelle connaissance des voies d'utilisation du sucre pour des centaines de souches dont les génomes sont séquencés, permet désormais de prédire avec certitude quels nutriments favorisent leur croissance et quels nutriments la freinent.
Il sera prochainement donc possible de
sélectionner les souches comme candidates probiotiques pour une situation et un hôte donné.
Au-delà, il devient également possible d’orienter le développement de compléments alimentaires pour les rendre encore plus efficaces.
Source: Nature Microbiology 16 July, 2025 DOI:10.1038/s41564-025-02056-x Integrative genomic reconstruction reveals heterogeneity in carbohydrate utilization across human gut bifidobacteria
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- Lire : PRÉMATURITÉ : Les probiotiques pour protéger le nouveau-né
Cette actualité a été publiée le 23/10/2025 par
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